Rize merkez Kendirli beldesi doğumlu olan Albayrak, iktisat ve ilahiyat fakülteleri mezunudur. 2000-2010 yılları arasında Kalkandere İlçesinde İmam Hatip olarak görev yapan Mehmet Emin Albayrak sırasıyla İyidere Merkez ve Müftü Yusuf Karali Dini Yüksek İhtisas Merkezi mescidinde, yine aynı ünvanda vazifesini sürdürmekteyken, 2018 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı İhtisas'a giriş sınavıyla Rize Müftü Yusuf Karali Dini Yüksek İhtisas merkezinden 2021 yılında mezun olmuştur. 2021 yılında Derepazarı İlçe vaizi olarak atanan Albayrak, 2022 yılında açılan müftülük sınavında başarılı olarak Kalkandere İlçe Müftüsü olarak atanmıştır.
Mehmet Emin Albayrak evli, üçü hafız dört çocuk babasıdır.